北京市臨床研究所于1978年經市科委批準成立。作為北京市綜合性臨床研究基地，承擔著本市乃至全國重大疾病、疑難病、常見病和多發病的基礎和臨床研究，以探求危害人民健康的重大疾病的發病機制、干預措施，從而提高早期診斷水平，為疾病的防治提供科研支持。
研究所經過三十年的發展，以開展基礎醫學與臨床醫學研究為宗旨，實行中西醫并重，以常見病、多發病、疑難病研究為方向，以科學的管理制度建立和完善競爭機制和激勵機制，形成以科研養科研，以科研促臨床，以科研促效益的良性循環運行機制，逐步確立了以消化、感染、肝病、腎移植、中西醫結合為科研發展方向，不斷增強品牌意識，銳意改革，謀求創新與發展，形成了研究所自身的優勢和特色，為臨床科研工作和培養醫學科技人才提供科技研究平臺。
研究所的基本任務是：(1)基礎醫學研究;(2)臨床醫學研究;(3)臨床科研檢測任務;(4)人才培養;(5)新技術及科研成果開發。
業務范圍是：分子生物學研究、生化學研究、病理生理學研究、實驗病理學研究、基因診斷、病毒學研究、藥理學研究、內科學研究、外科學研究、臨床藥理學研究、中西醫結合研究、藝術醫學研究。
研究所科技力量雄厚，人才結構合理，儀器設備較全，本著“實現資源共享、空間布局合理、功能設置明確”的原則，全面實行對外開放，承接醫療所需的各項特殊的科研臨床檢測任務。目前承擔著國家863項目、國家自然科學基金、國家中醫藥管理局項目、北京市科委、市自然基金、市科干局、市衛生局、市中醫局、首醫大基礎臨床基金項目等幾十項科研課題，曾獲得國家和市級局級科技進步獎百余項，多次舉辦國家級和市級繼續教育項目培訓班。
北京市臨床醫學研究所根據臨床工作和防病治病的需要，以改革促發展，服務于科研，服務于臨床，服務于患者，向著成為國內一流的全國綜合性臨床醫學研究所而努力。
